Операционное отделение  № 2, находящееся на 5 этаже Перинатального центра, функционирует с апреля 2011 года.

Отделение включает в себя три операционных  модуля, оснащеных новейшим оборудованием: столы операционные STERIS, аппарат наркозно-дыхательный Drager, аппараты ИВЛ «Hamilton G-5”, аппараты радиохирургические CURIS, аппараты для лечения гипотермии KanMed, реанимационные системы для новорожденных (DRAGER), мониторы BSM-2301K, дефибриляторы «SCHILLER”, светильники операционные потолочные с сателлитом ESCHMANN.

В отделении функционирует помещение экстренной стерилизации, оснащенное современным оборудованием: стерилизаторы паровые CISA 3270, шкаф сушильный, машина моечная дезинфекционная CISA (К105).

Основной задачей является обеспечение круглосуточной готовности операционного отделения оказанию планового и экстренного родоразрешения.